El ataque de Akatsuki: Pain y Konan invaden Konoha

Naruto trata de mejorar una técnica nueva en las noches sin la supervisación de Fukasaku. Konan y Pain están atacando Konoha y buscando al Kyubi. Mientras tanto, Killerbee ha escapado de las manos de Akatsuki. Mientras Pain y Konan comienzan el ataque a la villa, y dejando un rastro de cuerpos, Pain se encuentra con Iruka y le pregunta sobre el Kyubi, pero el chunnin se niega a responder, por lo que Pain responde con un ataque siendo frenado por Kakashi con el cual comienza una batalla campal.
Shizune continúa con la autopsia del cuerpo de Pain que manejaba las invocaciones y descubre como funciona su técnica para sellar el chakra, al igual que Inoichi Yamanaka e Ibiki Morino, que tratan de leer la mente de uno de los "6 cuerpos" de Pain, pero la mente de este ninja está con la protección de algún poderoso genjutsu. Inoichi logra romper esa barrera de protección y llegar directo a su mente, pero justo en ese momento Ino Yamanaka lo interrumpe diciendo que Konoha está siendo atacada por Pain. Tsunade ordena la alarma a la villa y ordena que llamen a Naruto, él cual ya casi ha finalizado su entrenamiento de las técnicas del ermitaño. Fukasaku le explica las ventajas y desventajas del modo ermitaño y le brinda su apoyo para la batalla contra Pain donde utilizarán la fusión de cuerpos. No obstante los ancianos consejeros tratan de impedir que eso suceda, argumentando que Naruto no es una herramienta para enviar a combatir a lo que Tsunade le responde que siendo un Shinobi de Konoha, Naruto está en la obligación de defender a su hogar. Mientras eso pasa, Kakashi se encuentra en serios apuros ante la inefectividad de sus ataques en contra de Tendo; cuando en ese instante Tsunade le ordena a la rana de conexión que parta a Myobokuzan y le avise a Naruto y a Fukasaku de lo que esta sucediendo en Konoha mientras que ella y los shinobis de la aldea se encargarán de los invasores, luego se retiran todos de la habitación. Cuando esto pasa, antes de que la rana partiese, Danzou decide moverse por su propia cuenta y después de decir que con esto el jinchuuriki del Kyubi no intervendrá más, mata a la rana. Mientras tanto en la batalla entre Kakashi contra Tendo, aparece otro cuerpo de Pain, el del reino de los demonios (quinto cuerpo), creando juntos una estrategia perfecta, el primero con un jutsu de atracción y el otro atacando, sacándose de su cuerpo dos brazos más y como un estilo de cola con un kunai. En ese instante Kakashi realiza un clon de rayo y aparecen Chouza y Choji Akimichi que le dejan herido al 5to cuerpo. Kakashi explica a sus compañeros sobre las técnicas de Pain que sabe controlar la gravedad. Kakashi hace una estrategia, se mete por la tierra y aparece debajo de Pain y lo agarra de las piernas, mientras tanto Chouji y Chouza con su técnica de remolino van contra Pain pero este los expulsa fácilmente, Pain se da cuenta que esta atrapado de cadenas y que la estrategia de Kakashi era acercarse lo suficiente para poder encadenarlo y sus compañeros agarrar la cadena. Mientras tanto Naruto comienza a practicar la fusión de cuerpos con su maestro. En el escenario de la pelea, Kakashi va con su Raikiri listo para matar a Pain pero aparece súbitamente el anterior cuerpo (al que hirieron los Akimichi) y recibe el golpe directo y Pain hace volar a todos. Kakashi atrapado entre escombros y sin chakra se da cuenta de algo. En ese momento Pain agarra un clavo y lo tira a la cabeza de Kakashi y se muestra como la cabeza de Kakashi recibe el clavo y salpica sangre. Luego Pain se retira y el quinto cuerpo ataca con un misil a Choji, quien estaba lamentando la muerte de su padre. Kakashi envía el misil a otra dimensión utilizando su Mangenkyo Sharingan, lo que lo deja moribundo. Mientras tanto Tsunade amplifica el poder curativo de Katsuju y Danzo revela que su plan es ser Hokage. Inoichi y los demás ven en la mente del ninja atrapado que Konan le entrega un cuerpo desconcido al ninja y se dice que en una torre en la Aldea se encuentra el verdadero Pain. La autopsia sigue y en el momento son atacados por dos Pain, uno que Inoichi revela que lo había visto como un cadáver, mientras que Ibiki Morino le dice a él que se vaya con Shizune para decir a la Hokage todo lo que se sabe. Mientras que Kakashi empieza a recordar la promesa que le había hecho a Obito y en un extraño sueño premuerte inicia una plática con su padre. Por otra parte, la fusión de Naruto con Fukasaku se ve impedida por un rechazo de parte del Kyubi. Mientras tanto, uno de los cuerpos de Pain, sigue intentando sacar información de Naruto, pero no lo consigue. Konahamaru justo observa cuando Pain le quita el alma a dos ninjas de Konoha y por ese motivo hace ruido, el líder de Akatsuki lo descubre. Pero en ese momento llega Ebisu y rápidamente Pain lo interroga y el jonin recuerda a Naruto y se niega a responder. Pain intenta matarlo pero Konahamaru le arroja unos cuantos shuriken, desviando su atención. Mientras tanto, en la sala de investigación, Ino y los demás intentan encontrar información mientras que Ibiki y los ANBU retienen a otro Pain con el cual deben luchar.49 Konohamaru recuerda la promesa que hizo con Naruto y se enfrenta valientemente al Pain que se abalanza sobre él. En la montaña sapo, Naruto se encuentra entrenando duramente para intentar dominar el chakra natural mientras se encuentra en movimiento pero no lo logra. Fukasaku le dice que es algo imposible y que nunca antes había intentado hacerlo, pero Naruto no se da por vencido y logra gracias a un las palabras de fukasaku una táctica para poderlo hacer el cual es usar el kage bunshin no jutsu.. Mientras tanto Tsunade se encuentra aún curando a los ninjas heridos a través de su invocación, cuando se da cuenta del estado de Kakashi (aparentemente muerto); es en ese momento cuando llega Choji y le advierte acerca del control de la gravedad de Pain y del pequeño intervalo entre técnica y técnica que existe en el que Pain no puede utilizar su habilidad (5 segundos), es ahí cuando Tsunade le informa a Choji que su padre aún tiene posibilidades de sobrevivir. Mientras tanto en la morgue uno de los cuerpos de Pain ha llegado donde se encontraba el cuerpo derrotado por Jiraiya cuando repentinamente es atacado por Kiba y su madre. Este Pain se defiende usando el cuerpo del Pain muerto como escudo, confirmando que este no sorporta los ataques cuerpo a cuerpo. Por otro lado, Shino y su familia se preparan para pelear con Konan. Finalmente el Pain (Yahiko) llega donde Tsunade, esta lo reconoce y él le dice que había pasado mucho tiempo sin verla.50 Mientras tanto Konahamaru y Pain se suman en una batalla cuerpo a cuerpo hasta que Pain logra capturar a Konohamaru contra la pared e intenta absorverle su esencia con su técnica, en ese Konohamaru recuerda un entrenamiento con Naruto, donde el pensaba que se trataba de un nuevo Jutsu sexi; En medio de eso Ebisu Sensei intenta ayudar a Konohamaru que se encontraba contra la pared pero es expulsado por Pain. Cuando resulta que el que se encontraba contra la pared era un Clon de Sombras. Mientras el Konohamaru original preparaba un Rasengan que estrello contra Pain. Mientras Inoichi, Ino y Shizune descubren que el verdadero Pain se encuentra en otro lugar de Konoha controlando 6 cuerpos sólo con Chakra, hasta que llega otro cuerpo de Pain que usa la técnica del Clan Yamanaka para leer mentes sobre Shizune, y descubren que Naruto está en la montaña de Myobokuzan. Mientras tanto, Tsunade y Yahiko siguen conversando, y éste le explica las intenciones de Akatsuki y le pregunta la ubicación de Naruto pero ella se rehúsa a contestar y le dice que no subestime ni a ella ni a Naruto por que es muy fuerte. Enseguida el Pain del reino de los dioses recibe la señal del Pain del reino humano, descifrando la ubicación de Naruto (Myobokuzan).51 Seguido de esto el Pain del reino Humano sustrae el alma de Shizune para sorpresa de Ino y su padre. El Pain del reino de los dioses decide que eso es todo por ahora y segundos después ordena que todos los cuerpos supervivientes se retiren para realizar una devastadora técnica llamada "Shinra Tensei" con la cual destruye por completo a Konoha, al mismo instante fukasaku se entera de la muerte del sapo mensajero y deduce que algo terrible pasa en Konoha y avisa a Shima que estaba cerca de Konoha que deben invocar algo poderoso y le dice a Naruto que se prepare. Luego de la devastadora explosión Sakura entre los escombros al ver el montón de cadáveres, clama llorando por el retorno de Naruto. Luego Pain sorprendido ve como un pergamino se abre y luego salen de él sombras,52 que resultan ser Naruto acompañado de Gamabunta, Gamakichi, Fukasaku, Shima, Gamaken y Gamahiro. Al llegar al lugar, Naruto no reconoce a Konoha pero lo haría gracias a Shima quien le confirmaría a Naruto que está parado sobre las ruinas de Konoha. Naruto al principio no le cree pero luego ve la gran montaña con los rostros tallados de los anteriores Hokages a lo lejos. En ese instante Fukasaku le confirma que el responsable de la destrucción no es otro sino Pain, Naruto se pone realmente furioso. Mientras tanto, Iruka,Shikamaru y su padre, Kiba Inuzuka y su madre así como un miembro del clan Hyuga y la propia Hinata) y aparentemente Kakashi se ven que han sobrevivido gracias a Tsunade y Katsuyu. La Gondaime al ver el grado de destrucción de la técnica de Pain se pone furiosa a su vez que la marca de su frente ha desaparecido ya que ha usado Souzou Saizei en Katsuyu para que lo distribuyera entre los habitantes cosa de la que un ANBU se percata. Al mismo tiempo Pain responde exhaltantemente que se ha ahorrado el problema de buscar a Naruto, Sakura gracias al superviviente del clan Hyuga, sabe que quien está ahí a la distancia es Naruto. Mientras tanto los otros Pain consiguen regenerar al Pain del reino de los demonios mientras que Konan le pregunta a este el por qué hizo lo que hizo a lo que Pain le responde que fue por "justicia" mientras ella diciendo que el riesgo que Pain corre con dicha técnica es extremadamente alto, se aleja para ver todo a distancia. El Pain del reino de los animales convoca a todos los cuerpos que se reúnen con el Pain del reino de los dioses. El Pain del reino de los demonios se dispone a rematar a Tsunade cuando Naruto interviene y lo elimina fácilmente, entonces Tsunade ve las siluetas de las espaldas de Minato (el cuarto Hokage) y Jiraiya reflejadas en el joven ninja, al mismo tiempo que los sapos les recuerdan y admiten que Naruto ha superado por mucho a la generación anterior. Entonces Naruto furioso le responde a Pain que es hora de dar por terminado este asunto.53
Tras matar al primero de los cuerpos de Pain, Naruto llama a Gamakichi y le pide que lleve a Tsunade a lugar seguro, esta le dice a Naruto que se lleve su babosa Katsuyu ya que tiene información importante, Naruto acepta y le pide a Tsunade que diga a los demás que no interfieran en la lucha. También le pregunta a Tsunade por Kakashi, ya que ahora que es capaz de sentir el chakra de otros, no ve el de Kakashi, Tsunade calla, lo cual deja en suspenso el estado de Kakashi. Tras esto comienza la pelea con Pain, que ha hecho que uno de sus cuerpos invoque un rinoceronte gigante que ataca a Naruto, el cual sin inmutarse para la embestida fácilmente; el mismo cuerpo de Pain invoca otras dos figuras gigantes, un toro y un perro que son detenidos por la canción de los sapos ermitaños, mientras Naruto realiza un Kage Bunshin y con ellos moldea una nueva técnica sennin un Doble Rasengan gigante con el que acaba con ambos animales que son rematados por los sapos; Naruto se encara con uno de los Pain, el que absorbe los ataques y cada uno se lanza un puñetazo simultaneo, ambos parecen errar en el blanco, pero naruto le da usando la energia natural del modo ermitaño y poco a poco la cara del cuerpo de Pain comienza a deformarse y sale despedido por el golpe, siendo derrotado. Uno de los Pain se sorprende ya que pensaba que su otro cuerpo había evitado el ataque, y Fukasaku explica que al usar el chakra natural, ese chakra se volvió parte del cuerpo de Naruto y atacó a Pain, señalando que en el modo ermitaño, es más peligroso y sus ataques tienen más alcance.54
Tras ello, Naruto realiza un Kage Bunshin creando dos clones más, con ellos realiza el Futon: Rasen Shuriken que lanza contra Pain para sorpresa de los demas que no comprenden como puede lanzar tal cantidad de chakra, con ello acaba con un Pain partiendolo en dos. Debido al agotamiento, Shima mete a Naruto y a Chikushodo dentro de una nube de humo permitiendo a Naruto acabar con ella con un rasengan doble. Al salir Naruto pierde el modo hermitaño 55 .
Pain del camino de los dioses corre hacia Naruto para tratar de herirlo ya que perdió el modo ermitaño. Fukasaku le grita a Naruto que le de el pergamino, Fukasaku abre el pergamino y hace una invocación, y le explica a Shima que Naruto antes de salir de Myobokuzan dejó dos clones recolectando chakra, así al deshacer el clon le otorga la energía al Naruto original, de esta forma recupera el modo sennin. Naruto realiza el Fuuton Rasen Shuriken y lo lanza pero el Pain que absorbe los ataque revive y repele el ataque, Naruto se da cuenta que Pain trata de revivir a los demas, asi que vuelve a lanzar el Fuuton Rasen Shuriken pero cuando Pain trata de detenerlo se da cuenta de que era una transformación del mismo Naruto y le da una tacleada al Pain que absorbe el verdadero Fuuton Rasen Shuriken. Naruto ataca a Pain Yahiko pero este lo rechaza y dice que al fin a obtenido el maximo poder y procede a atacar al Pain del camino de los infierno con dos rasengan.56 .
El Pain del camino de los infierno muere, el clon de Naruto esta por atacar al Pain del camino de los fantasmas hambrientos pero Pain Yahiko usa su tecnica Shinra Tensei, expulsa a los dos clones destruyendolos, los tres sapos atacan a Pain pero éste vuelve a utilizar su tecnica y los aleja de lugar, en ese momento, Katsuyu le informa a Naruto sobre los cinco segundos antes de volver a usar la técnica, Fukasaku le dice a Naruto que tiene que realizar el Genjutsu junto con Shima, como Naruto no sabe hacerlo Fukasaku le propone que ellos lo haran pero que necesitaran mucho tiempo, diciéndole que sólo le quedan cinco minutos en modo ermitaño. Naruto procede a atacar a Pain pero Pain del camino de los dioses lo atrae hacía él para que Pain del camino de los fantasmas hambrientos lo atrape extrayendole su chakra y perdiendo el modo ermitaño, Pain dice: "El Kyūbi ha sido capturado.