El rescate del Kazekage

A su regreso a la Aldea Oculta de Konoha, Naruto Uzumaki encuentra de nuevo a todos sus compañeros, algunos más cambiados que otros. Sakura Haruno ha estado entrenando con Tsunade, y a parte de su mejora en técnicas médicas, ha adquirido esa fuerza descomunal y absurda que caracteriza a la quinta Hokage, para horror de Naruto. Su sensei, Kakashi Hatake les somete a una prueba para comprobar cuánto han mejorado en estos años. Curiosamente, es la misma a la que les sometió al inicio de su carrera como ninjas, quitarle los cascabeles, aunque aquella vez Sasuke Uchiha aún estaba con ellos.
Gaara, que entabló con Naruto una profunda amistad a raíz de los sucesos de la primera parte, se ha convertido en el Kazekage de su aldea. Además, dado que es un jinchūriki, ha atraído la atención de Akatsuki. Por este motivo, Sasori y Deidara llegan a la aldea se infiltran gracias a la ayuda de un miembro de la aldea oculta de la arena, y Deidara emprende una infiltración que termina cuando lo descubre Gaara. Deidara se las ingenia para penetrar la defensa total de Gaara, poniendo en riesgo a la aldea. Gaara cae en las garras de la organización, que pretende extraer el monstruo de su interior, el Shukaku. Se alejan por el desierto mientras los persiguen Kankurou, quien se enfrenta a Sasori, descubriendo los nexos de él con la aldea de la arena y siendo prácticamente condenado a morir.
La aldea de la arena solicita la ayuda de Konoha, y la quinta envía al equipo Kakashi: Kakashi, Naruto y Sakura en el camino se encuentran con Temari a quien le cuentan lo ocurrido. Al llegar a la aldea de la arena, Sakura muestra lo mucho que ha aprendido de Tsunade, y salva a Kankurou. Tras ello Kakashi con la ayuda de Pakkun rastrea la localización de Gaara y parten con Naruto y Sakura y la anciana Chiyo, abuela de Sasori.
En el camino a la cueva donde están extrayendo el Biju a Gaara, El equipo Kakashi, se encuentra con un clon de Itachi y deben derrotarle para poder continuar, por otra parte el equipo de Maito Gai (enviado como refuerzo por la quinta) se enfrenta a Kisame compañero de Itachi y miembro de Akatsuki. Una vez derrotan a sus enemigos deben romper cinco sellos para abrir la puerta de la cueva, los miembros del Equipo Gai se movilizan a donde están los otros cuatro, al quitar los sellos se enfrentan a una trampa de Akatsuki, debiendo luchar con copias exactas de ellos con los mismos poderes.
Una vez el equipo Kakashi entra en la cueva se divide en dos Sakura y Chiyo se enfrentan a Sasori. La pelea inicia con la abuela utilizando a Sakura como marioneta, peleando frente a Sasori que esta dentro de su marioneta favorita (Hiruko), Sakura con su gran fuerza rompe la marioneta y obliga a Sasori a revelar su rostro. Sasori utiliza como segunda marioneta al tercer kazekage quien había desaparecido 20 años atrás y no se conocía ningún motivo. La abuela utiliza las dos primeras creaciones de Sasori y tras una feroz lucha quedan empatados, pero Sasori utiliza la técnica secreta del Kazekage conocida como la arena de Hierro. Sakura es vuelta a utilizar como marioneta, pero esta vez ya comienza a analizar los movimientos de Sasori, logrando esquivar los ataques y tras engañarle con que ha sido mortalmente herida logra destruir la marioneta.
Como tercer marioneta, Sasori se utiliza a sí mismo, mientras la abuela solo cuenta con Sakura. Las armas son lanzallamas, lanza agua, y un cable, que es tomado por Sakura y logra halar a Sasori a su lado para desarmarlo, pero falla en su intento. La abuela utiliza una técnica que le permite utilizar 10 marionetas al tiempo, y Sasori utiliza 100. Entre Sakura y la abuela logran destruir buena parte de las marionetas, y se acercan a su objetivo, Sakura lanza una mascara que captura el cuerpo de Sasori y logra reducir el chakra, pero éste logra cambiar su cuerpo y ataca a la abuela Chiyo por la espalda. Sakura se interpone y es gravemente herida, pero salvada por una milagrosa técnica de Chiyo capaz de revivir a la gente en cambio de su propia vida, sin embargo Sakura no estaba muerta por lo tanto Chiyo no muere tras hacer esta técnica. Chiyo había diseñado la técnica originalmente para revivir a los padres de Sasori. Luego Sasori ataca chiyo pero la abuela utiliza las 2 marionetas creadas por Sasori y logran atravesar su corazón pero la abuela Chiyo se dio cuenta de que Sasori podía haber esquivado su ataque, pero no lo hizo.
Mientras tanto, Gai, Lee, Tenten y Neji vencen a sus respectivos clones y Kakashi y Naruto persiguen a Deidara para rescatar a Gaara. Al descubrir que Gaara que ha muerto a causa de la extracción del Bijū, Naruto pierde la calma y comienza a liberar las "colas" del Kyuubi pero Kakashi lo detiene gracias a la precaución de Jiraiya. Deidara escapa, y se presenta un nuevo miembro que ingresa en Akatsuki, Tobi, reemplazando a Sasori. Chiyo usa entonces una técnica prohibida por la cual resucita a Gaara a cambio de su propia vida.