Los doce guardianes ninja

Esta saga solo se muestra en el anime. Es intermedio entre la búsqueda de Sasuke y la saga de Hidan y Kakuzu, por ende, nunca pasa en la línea del tiempo original del manga. En la primera etapa del entrenamiento de Naruto, Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión, que consiste en ir a revisar un pueblo cerca de la frontera que ha sido atacado. El equipo Yamato se dirige hacia el punto donde habían quedado con los monjes del templo del Fuego. Naruto llega a un extraño lugar, cuando se adentra encuentra una tumba, en ese momento llega un chico llamado Sora y comienzan a pelear, más tarde llegaron los monjes y el equipo Yamato que después de presentarse llegaron al templo. El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas.
El equipo Yamato se dirige a un único lugar donde pueden salir los ladrones de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirigiéndose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a él Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas (llamado rueda de la fortuna) el equipo Yamato se disperse. Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas. Yamato engañaa Fudo cuando lo aprisiona en etre rocas, Yamato, usa un jutsu de tierra opara evitar el impacto, Sai logra burlar las trampas de Fuen y hasta llega a tocarla, mientras que Naruto enfrenta a Fuuka, que sabe usar los cinco elementos, y amenaza cone extraerle el chakra.
El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora esta siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha, ya que Sai salió herido del combate salvando a Sakura de una araña gigante. Durante su estadía en Konoha, Asuma informa sobre el ataque a la aldea en la frotnera del país del fuego. Mientras que Sora al perder dando un paseo en Konoha Naruto lo encuentra luchando con Akamaru lo cual inicia una pela entre , Naruto, Sora, Kiba, Akamaru, Chouji y Lee, la cual es detenida por Asuma. En Konoha Asuma le enseña a Naruto y a Sora a manipular su chakra de viento con la ayuda de un kunai. Luego aparece Furido y le dice a Sora que Asuma fue quien mato a su padre quien era Kazuma uno de los doce guardianes.
Danzou es capturado por unidades ambu, y es llevado el junto a un espía ante Tsunade para ser interrogados, Sora decide espiar, pero es sorprendido al mismo tiempo los consejeros detiene a Tsunade. Los miembros de Ambu atrapan a Sora, Sora se libera, e intenta atacar a Asuma, el pierde la conciendia y un miembros de raíz intea matarlo pero Naruto le protege.
Mas Adelante Furido decide atacar la aldea de Konoha en un golpe directo, Sora cae en una encrucijada pues desea vengarse de Asuma por asesinar a su padre pero este sentimiento esta ligado al hecho de que Asuma solo servía ordenes del aquel entonces tercer Hokage, sin embargo Sora finalmente decide ayudar a salvar a todos los habitantes de la aldea y detener a Furido. Los cuatro ninja invocan a los cuatro maestros relámpago, Yamato, Sakura y Asuma intentan detenerlos, pero Fudo y Fuen los intercpetan.
Mientras tanto Sakura,Naruto y Yamato continúan sus respectivas peleas, pero Asuma no logra detener a su adversario.
Sakura logra derrotar a Fuen usando un antídoto para el veneno de las polillas, tras vencerla las murallas de protección desaparecen, Yamato derrota a Fudo usando los elementos Tierra, Agua y Madera, haciendo que los zombis desaparezcan. Mientras que Asuma es encarcelado en una prisión de energía de elemento Rayo.
Yamato logra derrotar a otro de los ladrones haciando desaparecer a los ninja zombis que atacan a la aldea. Naruto usando su entrenamiento para cortar hojas derrota a otro de los enemigos mientras que Asuma, usa sus cuchillas para escapar de la prisión. Sora discute con Furiido por planear destruir a los aldeanos de la villa. También habla con Sora acerca del Kyubi, describiendo a los Jinchuriki, y que el cuarto hokage encerró al kyubi en un bebe, y que sellaron el chakra del Kyubi y resto del chakra del kyubi se encuentra dentro de Sora.
Kitane está a punto de llegar a su punto para completar el relámpago que destruirá Konoha por completo, pero Asuma le detiene justo a tiempo.
Más tarde Sora ataca a Naruto, mientras que Asuma , revela la identidad de Furiido, Kazuma. Sora enfurecido intnta lanzar a Sakura un ataque de chakra, Naruto lo intercepta usando chakra en su kunai. Shikamaru, Ino y Chouji llegan al lugar de la batalla, Shikamaru paraliza a Sora, y Chouji intenta detener con sus manos a Sora. Chouji es obligado a soltar a Sora debido al chakra del kyubi , Ino usa el cambio de cuerpos pero se ve obligada a retirarse debido a la prescencia del chakra, Kiba, Lee y Akamaru llegan, Shikamaru suelta a Sora que libera dos colas mas.
Kiba, Akamaru, Chouji y Lee intentan derrotar a Sora, mientras que Kazuma y Asuma siguen luchando. Tres colas salen de Naruto, mientras que Sora libera las cuatro colas. Kazuma explica por que sello el chakra en Sora, que es para derrotar al rey (el Hokage). Naruto pone fin al chakra de Kyubi, mientras que Sora en su mente ve toda su vida solitaria, llena de odio y triztesa, escuchando a lo lejos la voz de Naruto, hace que Sora entre en razón y Asuma sigue luchando contra Kazuma, Sai aparece atando a Kazuma a un árbol, Asuma le pregunta si salió a dar una vuelta, pero Kazuma se libera y Asuma lo mata. Sora decide irse de la hoja pero no regresara al templo del fuego, y pide que le despidan de Asuma, Naruto y Sai, Kakashi vuelve de su investigación, termina hablando con Asuma sobre sus alumnos y también con Naruto y Sai sobre los últimos acontecimientos.